Původně knížecí hradiště v Bechyni, zmiňované již v 9. století, stojí na nejjižnějším skalním výběžku nad soutokem říčky Smutná a řeky Lužnice. Z majetku pražských biskupů "pustou horu Bechyni" získal před rokem 1268 král Přemysl Otakar II. a vybudoval zde kamenný hrad. Za krále Jana Lucemburského v předhradí bylo založeno město, roku 1323 obehnané hradbami. K mohutnému opevnění hradu došlo v 15. století.

Od sedmdesátých let 13. století docházelo ke střídání majitelů; roku 1340 Bechyně byla i v držbě pánů ze Šternberka (znovu v letech 1477 až 1530, pak 1596 až 1715), od nichž ji získal v roce 1367 markrabě Jošt. Za Bechiňů z Lažan došlo na přelomu 1422-1423 k vypálení města husitským hejtmanem Janem Hvězdou z Vicemilic; hrad však byl dobyt Prokopem Holým až v roce 1428.

 

Z nejstaršího sídla, přestavovaného zejména v roce 1477 a pak v letech 1510 až 1527, jsou podnes dochovány části dvou podélných staveb, spojených příčným křídlem, jež bylo v době renesance připojeno k nově vybudovanému tzv. Vokovu zámku. Čtvrté křídlo, ukončující jižní stranu nádvoří, bylo v roce 1791 strženo.

Po éře Švamberků, majitelů Bechyně od roku 1530, tu v letech 1569 až 1596 vládl Petr Vok z Rožmberka, jenž zde měl svatbu (14. 2. 1580) s Kateřinou z Ludanic. Sňatkem Marie Terezie ze Šternberka roku 1715 s Janem Leopoldem hrabětem Paarem přechází Bechyně do majetku Paarů, kteří zde setrvali až do roku 1948, kdy zámek konfiskoval stát. Poté jej využívala ČAV. Po revoluci bylo panství v restituci navráceno a v současné době patří do majetku firmy se sídlem ve Vaduz (Lichtenštejnsko) Panství Bechyně SE/ Herrschaft Bechyne SE, kterýmž majitelem je Josef Šťáva.

Na majetku Panství Bechyně SE/ Herrschaft Bechyne SE, který obnáší 4982 hektarů vlastních lesních pozemků, 500 hektarů lesů pronajatých od okolních obcí, 282 hektarů rybníků, areál Bechyňského zámku a další nemovitosti na Bechyňsku, hospodaří česká dceřinná společnost Panství Bechyně s.r.o..

Zámek a přilehlé nemovitosti a pozemky jsou v podstatě od roku 1994 nepřetržitě opravovány. Do roku 2007 uskutečnila společnost Panství Bechyně rekonstrukce a opravy za necelých 175 milionů korun.

Mezi nejdůležitější a nejnákladnější opravy patří kompletní rekonstrukce celé prohlídkové trasy zámku, zrestaurování nábytku a obrazů, rekonstrukce Vokova svatebního sálu (podlaha, kazetový strop, nástěnné malby) a rekonstrukce Jízdárny. Dále pak bylo investováno do rekonstrukce kašny, Lesního domu, historických fresek na nádvoří, zámecké věže až po kompletní výměnu střešní krytiny a krovů .

Zatím nejnovějšími rekonstrukčními počinami jsou nová střecha Kohoutku – Katovny i se zcela novou kohoutí korouhvičkou, restaurování třetí a poslední části historických fresek na nádvoří zámku a dokončená rekonstrukce původně renesanční fasády vnější strany zámku.